三亚学院海洋研究所成立于2010年5月，是学院为贯彻《国务院关于推进海南国际旅游岛建设发展的若干意见》的重要举措之一。海洋研究所的研究方向主要包括海洋安全通信技术、海洋信息安全技术、“数字海洋”技术、海洋观测技术、海洋渔业信息化管理、海洋渔业资源勘察、深水探测数据传输与通信技术等研究、应用与开发。 海洋研究所目前承担省部级科研项目2项，地厅级项目10项，同时加强横向联系，与上海交通大学签署协议，合作开展 “潜水器海试支持保障基地建设”项目，与三亚市海洋渔业局开展“渔民转产专业与渔港相关产业开发”研究项目，合作经费超过百万余元。 目前，海洋研究所所长由有着“中国深潜之父”美誉的著名海洋工程专家朱继懋教授担任，三亚学院校长助理顾斌博士负责日常工作。